Sydney recibe otra dura dosis de realidad por parte de su enlace con la CIA, Michael Vaughn: el entramado del SD-6 es muy extenso y ramificado por lo que su trabajo, en contra de lo que ella pensaba, tiene un objetivo a largo plazo. Pero los problemas no vienen solos; su amigo Will Tippin, le pide explicaciones sobre su misteriosa desaparición así como las extrañas condiciones de la misma. Además, le informa de que está decidido a desenmascarar al asesino de Danny, a lo cual Sydney le ruega que lo deje estar. Pero la curiosidad de Will es más poderosa y descubre que Danny había reservado un billete a Singapur horas antes de su muerte. Esto es una historia que un periodista como Will no puede dejar escapar. En la oficina del SD-6, Sloane encarga a Sydney que intercepte la venta de una ojiva nuclear en Moscú. Su padre la está esperando y ambos se confrontan. Sydney le pregunta si él estaba al tanto del plan para asesinar a Danny. Más tarde, Jack admite que el billete para Singapur lo había comprado él con el propósito de esconder a Danny de los pistoleros del SD-6. La CIA pasa los planes de la contramisión a Sydney a través de Vaughn justo antes de que ella y Dixon, su compañero, salgan hacia Moscú. A pesar de las complicaciones, la misión es un éxito y tanto el SD-6 como la CIA quedan complacidos con Sydney. Siguiendo el rastro, Sydney llega a un cementerio de Virginia donde está enterrada una ojiva nuclear la cual se activa cuando se abre el ataúd. Aterrorizada, Sydney llama a Marshall, el experto en aparatos del SD-6 y éste la guía en el proceso de desactivación. Como consecuencia, el SD-6 descubre la existencia de la bomba y decide vendérsela a Aninni Hassan, un conocido traficante de armas. Sydney decide arreglar el desaguisado ella misma y, como conoce a Hassan, se ofrece a viajar hasta El Cairo para tratar de rescatar la ojiva nuclear. Mientras, en Los Angeles, Michael Vaughn es destinado a otros menesteres porque el director Devlin desea que un oficial más experimentado sea el enlace de Sydney.