Después de perder a su jefe de inteligencia, los agentes especiales del gobierno de Estados Unidos, Angus MacGyver "Mac" y Jack Dalton, reclutan a un nuevo hacker y van en busca de un arma biológica robada que podría aniquilar a millones de personas. Debido a un compromiso de seguridad, el Departamento de Servicios Externos es renombrado como la Fundación Phoenix.