Eureka tiene problemas internos que hacen que fallen varios ordenadores, los del aire acondicionado, los semáforos, las vayas electrificadas... Después de que Henry descubriera un virus que afecta a la intranet de Eureka, Jack y Allison creen que este hecho está relacionado con la misteriosa vuelta a Eureka de Callister Raynes, un joven y prometedor programador que abandonó la ciudad hace algún tiempo cuando todo el mundo creía que era culpable de originar un incendio en un laboratorio, todo el mundo menos Nathan Stark.