El Congreso convoca a elecciones. Carranza gana y asume la presidencia en enero de 1918. El gobierno enfrenta un cúmulo de problemas: una crisis económica provocada por siete años de guerra revolucionaria, constantes levantamientos armados de Villa y Zapata, un conflicto diplomático con Estados Unidos. Se consuma la traición y asesinato contra Emiliano Zapata, en Chinameca, Morelos. Con la convicción de que no exista en México un presidente militar, Carranza designa a Ignacio Bonillas como candidato presidencial, lo que provoca que el grupo cercano a Álvaro Obregón lance el Plan de Agua Prieta que desconoce a Carranza como presidente y nombra en su lugar a Adolfo de la Huerta. La rebelión militar obliga a Carranza a abandonar otra vez la capital rumbo al puerto de Veracruz, en el trayecto es asesinado.