Sydney despierta en una sala de torturas y es sujeta a una serie de técnicas para hacer que confiese. Mientras tanto, Jack siembra algunas pistas falsas que implican a Russek y Sydney es liberada, aunque muy confusa y algo asustada ante la frialdad de su padre, que ha culpado y hecho ejecutar a un hombre inocente. La nueva misión de Sydney le lleva a Kenia para intentar confirmar si Hassan está realizando negocios con armas por la zona. Allí Syd descubre que Hassan se ha sometido a cirugía estética y ahora su nueva identidad es Nebseni Saad. Sloane manda a Jack a Cuba para asesinar a Hassan, dado que sospecha que quiere cambiarse de bando, pero la CIA ordena a Jack que extraiga a Hassan de Cuba y lo traiga para custiodarlo y obtener su lista de clientes. La cosa no sale como cabría esperar y Jack es hecho prisionero por Hassan. Will escucha la cinta que encontró y junto a un amigo suyo, consigue obtener una palabra del galimatías grabado en el cassette: SD-6. Su búsqueda le lleva hasta David McNeal, un matemático cumpliendo una condena por malversación de fondos. Will descubre que McNeal se declaró inocente en todo momento y que sólo admitió su culpabilidad tras el suicidio de su esposa. Intrigado, Will le visita en la cárcel, pero McNeil echa a Will, asustado al oír las siglas SD6. Sydney viaja a Cuba para rescatar a su padre. Hassan, para cerciorarse de que Jack ya no es leal al SD6, le pide como prueba que mate al agente del SD6 que han capturado. Naturalmente, habla de Sydney...