Shinji entra en fase introspectiva cuestionando sus sentimientos, e intenta comprender si era realmente necesario matar a Kaworu. Asuka se cuestiona su capacidad, no desea parecer completamente inútil y ser descartada, pero su mayor temor es la soledad. Rei busca en su interior el porqué de sus existencias, mientras Misato afronta su relación con Kaji y los problemas de su padre, además que reconoce que le gusta "sentirse sucia", es decir, le gusta buscar a los hombres. Todos los personajes se dan cuenta de que de alguna manera están incompletos y por el hecho de ser humanos son imperfectos. Necesitan completarse con otras almas para alcanzar la felicidad que les ha sido negada hasta ahora. Lo cual es el verdadero proyecto de Gendo y NERV, convertir a toda la humanidad en un solo ser completo, equivalente a un dios.