Shinji tiene un excelente nivel de sincronización, a pesar de que no tuvo ninguna clase de experiencia previa. Sin embargo, cuando enfrenta al Ángel, su personalidad insegura lo lleva a la derrota. Luego de recuperarse de sus heridas en una sala de asistencia, Misato decide llevarlo a vivir con ella a su apartamento. Shinji tendrá que aprender a convivir con una joven mujer desordenada que deja su ropa interior desparramada y desayuna con cerveza helada, en ese lapso, Misato tiene un comportamiento bastante insinuante con Shinji, también se revela cómo Shinji venció a Sachiel: al quedar inconsciente, el EVA tomó vida propia y lo aniquiló en segundos.