En la segunda rama (sede americana en Nevada, EE.UU.) intentaron aplicar el dispositivo S2 a la unidad EVA-04 y como resultado del experimento, la base íntegra desapareció sin explosión ni rastro alguno. Se supone que sucedió algo similar a la absorción del EVA-01 y que fue transportada a la zona del Mar de Dirac. El EVA-03 es fabricado en EE. UU. y pasa al poder de NERV, por lo que necesita un nuevo piloto. El elegido es Touji Suzuhara. Misato no sabe como decirle esto a Shinji, porque teme lastimar sus sentimientos, ya que pilotar un EVA implica un gran peligro.